Aufgrund der Popularität und bekannter Sicherheitsprobleme werden Joomla-Installationen immer wieder zur Zielscheibe von Angriffen, insbesondere in Form sogenannter Defacements. Laut einer IBM-Studie aus dem Jahr 2008 ist die Zahl der Sicherheitslücken bei Webapplikationen allerdings generell drastisch angestiegen, so dass prinzipiell alle Systeme von diesem Problem betroffen sind. Insbesondere WordPress ist in dieser Hinsicht mindestens genauso gefährdet.